Количество баз данных – виртуальная штука. Это лишь некоторое вымышленное ограничение, созданное для удобства пользования и разделения прав. Обычно – в классическом случае – количество баз данных должно совпадать с количеством сайтов, то есть на каждый сайт – своя база. При этом никто не запрещает одному сайту обращаться к базе данных другого сайта.
Количество баз данных позволяет сделать некое разделение. Выделить отдельного пользователя под конкретную базу и тем самым обезопасить другие базы. Если некий злоумышленник каким-либо образом получит права доступа к базе – другие базы останутся не тронутыми.
Также вы можете разрабатывая сайт совместно с кем-либо – выделить общую базу, не раскрывая базы других сайтов.
Наличие отдельной базы для каждого сайта позволяет удобно создавать и восстанавливать бекапы, т.к. база содержится целиком в одном файле и другие базы при полном восстановлении – не будут затронуты.
Для экономного варианта – 1-3 базы на все-все сайты акаунта – можно обойтись без особых проблем. Используйте префиксы. 3-4 буквы в начале названия базы – говорят о ее назначении для какого-либо проекта. Легко сортировать, легко запоминать. Вариант подходит – когда вы контролируете все сайты в одиночку и самостоятельно следите за безопасностью ваших ресурсов. А для экспорта-импорта отдельных таблиц отдельных проектов – используйте экспорт-импорт встроенный в PhpMyAdmin.